La seconda absidiola contiene la cappella di San Mariano, Martire Acheruntino. Sotto l'Altare si conservano le Sue Reliquie, ricognite dell'Arcivescovo Francesco Zunica nel 1782 e di Lui portano il sigillo. Nella nicchia è una statua lignea, fatta modellare dall'Arcivescovo Giovanni Spilla nel 1613, dopo il ritrovamento delle Reliquie avvenute il 7 giugno di quell'anno. San Mariano subì il martirio nell'anno 303, sotto il terribile Imperatore Diocleziano. Il Martire della Cristianità Acheruntina era Diacono di questa Chiesa. Accanto all'altare vi è una piccola cattedra episcopale lignea del '700.
    A questo punto è bene dare uno sguardo d'insieme alla navata centrale attraverso il fornice del presbiterio, mettendosi di spalle all'Altare di San Mariano. Si gode di un elegante dinamismo di linee curve che si rincorrono dal deambulatorio alla balaustra della cantoria, lungo quelle rette della navata, culminando nel tondo del rosone, sostenuto dalle canne dell'organo.
    Proseguendo lungo il deambulatorio si incontra la terza absidiola in cui è l'altare barocco, anch'esso secentesco, del Patrono San Canio. Nella nicchia è la statua lignea del santo, della prima metà del secolo XVII. Il Vescovo Martire è rappresentato seduto su di un trono episcopale, rivestito dei paramenti pontificali. L'opera è impreziosita da ricchi ricami floreali e figure geometriche, evidenziandole i paramenti liturgici. Essa venne eseguita insieme ad un'altra statua, in argento, ora scomparsa, a mezzo busto, con reliquario sul petto e 19 pietre preziose sulla mitra pure in argento.
    Si conserva, invece, nel vano della Cantoria, un altro simulacro del nostro Santo a mezzo busto, con mitra e pastorale e in atteggiamento benedicente. Questa è assai simile alle statue di San Canio che sono venerate nelle Chiese di Calitri e di Sant'Arpino.
    L'altare così come si presenta è in realà il rivestimento marmoreo operato alla fine del '600 di un altare in pietra certamente più antico, forse quello del 799, l'anno in cui il Santo Vescovo Leone fece trasportare da Atella in Campania le Reliquie di San Canio.
    L'antico altare in pietra, come si può vedere attraverso l'unica apertura circolare di appena 15 cm. di diametro, è una specie di sarcofago, m. 2,25 (internamente m. 1,95, profondo m. 0,60, alto m. 0,57) e alto m. 1,09; il loculo è alto cm. 69. Sul fondo del "sarcofago" è poggiato un bastone ligneo, privo di riccio, lunco cm. 145 e di circa cm. 5 di diametro. Il bastone è nodoso per la sua lunghezza eccetto i primi 10 cm. che sono lisci. Poggia su un piano accidentato e ruvido. Queste cose sono importanti a sapersi, quando si considera un fenomeno mai spiegato, e inspiegabile con le leggi della fisica, cioè il fatto che detto bastone si muove spontaneamente per cui a volte è vicino all'apertura da potersi toccare con le dita, altre è invece a metà o in fondo all'abitacolo da potersi appena vedere con l'aiuto di una torcia elettrica. L'apertura è protetta da una porticina in legno. A destra vi è un'altra poltroncina lignea, ma è finta; serve solo alla simmetria.
    La tradizione, costante dal 799, e avallata lungo i secoli da documenti di Arcivescovi che effettuaruono la ricognizione canonica delle Reliquie, attribuisce il Pastorale a San Canio, portato e riposto in Cattedrale insieme al Suo Corpo. Nulla vieta dunque che questo fenomeno possa essere per il credente un "segno", un richiamo, un dono, uno stimolo. Purtroppo non si sa dove sia ora il Corpo di San Canio. Occultato molto bene durante l'invasione dei Saraceni, per evitarne la profanazione, se ne è persa la memoria del nascondiglio.
    A sinistra della Cappella di San Canio, in una nicchia, è un affresco raffigurante la Madonna in Trono con San Francesco e San Girolamo negli stipiti. Purtroppo l'affresco è deteriorato a causa della sovrapposizione degli stucchi della decorazione barocca ed è mutilo nella parte superiore, avendo aperto su di essa una finestra nel deambulatorio, quando fu chiusa quella dell'absidiola, per far posto alla nicchia di San Canio.
    L'affresco è probabilmente del Frescante, nella prima metà del sec. XVI, dei pilastri della Badia di Anglona, il quale assimila lo stile e i motivi di Giovanni Luce da Eboli.
    Di fronte è un piccolo affresco raffigurante San Pietro, fatto dipingere da un Canonico Cantore Acheruntino, forse dello stesso autore dell'affresco precedente.
    Percorrendo il deambulatorio si notano alcuni frammenti di colonne romane scanalate. Al termine il transetto sinistro è la porticina che immette nell'altra torre scalare per accedere ai tetti. Nella parete di fondo del transetto, l'altare barocco sembra sorreggere l'Edicola del SS. Sacramento, che attraverso decine di simboli scolpiti sulla pietra, è un piccolo "trattato" sull'Eucaristia e sulla Messa. L'opera potrebbe essere di Mastro Pietro da Muro Lucano.
    &Eegrave; stato pubblicato un libro d'arte che descrive l'edicola e i suoi particolari con 21 litografie di M. Ianniello.
    Al centro un dipito su tavola rappresentante la Deposizione, di Antonio Stabile, del 1570 circa.
    A sinistra dell'altare è una bella lapide marmorea riproducente un rescritto di Gregorio XIII, dell'8 febbraio 1578, con il quale il Pontefice concede privilegi spirituali in seguito ad una petizione dell'Arcivescovo Sigismondo Saraceno.
    Prima di percorrere la navata di sinistra e recarsi al museo dell'opera è bene recarsi ai piedi della scalinata che porta al presbiterio e ammirare la bellissima abside, perfettamente orientata ad est, secondo una simbologia medievale; l'altare maggiore è Cristo, "Sole che sorge dall'oriente". Il catino, verso il tramonto, si colora di un bellissimo rosa-pallido, per la luce che filtra direttamente dal rosone. Nell'abside sono 5 vetrate, volute da Mons. Pecci e realizzate dalla vetreria Pizzirani di Bari negli anni '30, rappresentanti nell'ordine, da sinistra, San Canio, San Pietro, l'Assunta, San Paolo e San Mariano.
    Al centro dell'abside è un Crocifisso ligneo di autore ignoto del sec. XVII, dono della Famiglia Vosa per l'altare del Crocifisso. L'opera fu sistemata in seguito nella Cripta, poi nella Cappella dell'Episcopio e finalmente collocato qui nel 1977.
    Su una parete in basso a sinistra è affrescato San Canio. Da notare che l'affresco è una supercettazione di un altro più antico. La medesima cosa si può riscontrare anche in altri punti del presbiterio, dove rimangono frammenti di affresci del XVI secolo e XV secolo.